В 1995 году основным направлением развития ММВБ стало создание современной торгово- депозитарной системы для обслуживания рынка государственных ценных бумаг. Это было связано с тем, что рынок ГКО приобрел макроэкономический масштаб, став самым крупным сектором финансового рынка РФ и одним из главных инструментов правительства РФ по проведению жесткой финансовой политики на основе неинфляционного финансирования дефицита госбюджета. Создавая условия для расширения инвестиционной базы этого рынка, ММВБ начала установку в офисах ведущих коммерческих банков и финансовых организаций удаленных рабочих мест (около 100 к концу 1995 г.), а также подключение к торгово-депозитарной системе ММВБ региональных торговых площадок (Новосибирск, Санкт-Петербург). ММВБ приступила к торгам новыми видами государственных ценных бумаг (ОФЗ-ПК и ОВВЗ), а также начала подготовку к организации торгов по корпоративным ценным бумагам и фьючерсам. Быстрое развитие фондового направления на бирже отразилось в структуре ее оборота – доля операций с ценными бумагами составила 71%. С учетом образования на базе ММВБ универсальной биржевой структуры была принята новая редакция устава биржи, который придал ей статус саморегулируемой организации.
В рамках проекта «электронного финансового рынка (ЭФИР)», реализуемого под патронажем ЦБ РФ и Минфина, с 1996 года к торгово-депозитарной системе ММВБ подключились региональные биржи в Ростове-на-Дону, Екатеринбурге, Владивостоке, Нижнем Новгороде и Самаре, где начались торги по ГКО-ОФЗ. ЦБ РФ либерализовал порядок доступа нерезидентов на рынок ГКО-ОФЗ, доля инвестиций которых к концу года увеличилась до 17%. Кроме того, в торговой системе начали проводиться операции «репо» и ломбардного кредитования. А число дилеров ГКО увеличилось до 300 организаций, включая 120 региональных. На ММВБ начались торги по корпоративным облигациям (РАО ВСМ), шла подготовка к торгам акциями ведущих российских предприятий.
Изначальной задачей НАУФОР была организация общероссийской электронной системы торговли ценными бумагами. И до последнего времени ассоциация успешно совмещала в себе как функции саморегулируемой организации участников рынка ценных бумаг, так и организатора внебиржевых торгов. Однако вступившие в 1996 году в силу Федеральный закон «О рынке ценных бумаг» и временное положение ФКЦБ «О требованиях, предъявляемых к организаторам торговли на рынке ценных бумаг» потребовали от ассоциации разделения этих направлений и лицензирования каждого вида деятельности. Для выполнения этих требований НАУФОР в 1997 году приступила к реорганизации структуры управления. Совет директоров НАУФОР принял решение исключить из компетенции НАУФОР вопросы, связанные с организацией торговли в РТС. Все полномочия по их решению были переданы созданному под эгидой НАУФОР Некоммерческому партнерству «Российская торговая система». В январе прошло собрание учредителей «Некоммерческого партнерства «Торговая система РТС», в собственность которого была передана Российская торговая система, а в начале марта 1997 года ФКЦБ приняла решение выдать лицензию организатора торговли «Некоммерческому партнерству «Торговая система РТС». Таким образом Российская торговая система стала первым в истории российского фондового рынка официально признанным внебиржевым организатором торговли.
В этом же году ММВБ удалось заложить основу для формирования на базе своего торгово-депозитарного комплекса общенациональной системы биржевых торгов ценными бумагами. Новой страницей в истории биржи стало начало торгов субфедеральными облигациями и акциями ведущих российских эмитентов, число которых к концу года превысило 20. ММВБ получила от ФКЦБ лицензию № 1 на организацию торгов по ценным бумагам на период до 2007 г. По итогам сделок с акциями стал рассчитываться Сводный фондовый индекс (рис.1.2), который точно отразил резкое падение рынка ценных бумаг в России, вызванное международным фондовым кризисом. К торгам по облигациям субъектов РФ и акциям подключились региональные валютно-фондовые биржи в Самаре, Ростове – на – Дону, Санкт-Петербурге, Нижнем Новгороде и Екатеринбурге. Расчеты по биржевым сделкам были переведены в Расчетную палату. В 1997 году совместно с ЦБ РФ было учреждено некомерческое партнерство «Национальный депозитарный Центр» (НДЦ), который создан для оказания депозитарных услуг на организованном рынке ценных бумаг (ОРЦБ).
А потом наступил 1998 год. В августе Россия вступила в период финансово-банковского кризиса. В соответствии с заявлением от 17.08.98 г. Правительство РФ и Банк России объявили об изменении границ валютного коридора, приостановке торгов по ГКО-ОФЗ и их реструктуризации в новые государственные ценные бумаги и о введении временного моратория на валютные выплаты нерезидентам. Оборот торгов по корпоративным и субфедеральным ценным бумагам резко снизился, но торговым площадкам всё-таки удалось сохранить ликвидный рынок акций ведущих эмитентов.

После острой фазы кризиса осени 1998, в 1999 году рынок быстро рос за счет как внутренних, так и внешних факторов: восстановление мирового рынка капиталов, рост цен на нефть, признаки стабилизации российской экономики, снижение инфляции, реструктуризация внутренних и внешних долгов России. В рамках программы реструктуризации внутреннего государственного долга России ММВБ возобновила в январе торги по ГКО-ОФЗ, а затем начала проведение операций междилерского репо с государственными ценными бумагами. После кризиса 1998 года рынок государственных ценных бумаг начал возвращать доверие инвесторов и постепенно восстанавливаться. Например, общий объем биржевых сделок на ММВБ в 1999 году составил 1921 млрд. руб. (76,7 млрд. $), что на 54% больше чем в 1998 году. Российский рынок акций испытывал период бурного роста, вызванный улучшением макроэкономических показателей и скачком цен на нефть. В этот период ММВБ впервые стала лидером по доле в обороте торгов на российском рынке корпоративных ценных бумаг. По итогам года на бирже объем сделок с акциями достиг 76,1 млрд. руб., что составило 53% в совокупном обороте ведущих биржевых площадок в РФ. За год Сводный фондовый индекс ММВБ, рассчитываемый по котировкам акций ведущих российских эмитентов, вырос до 150 пунктов (тогда как в начале января 1999 г. составлял 45).
С использованием режима переговорных сделок на ММВБ началось размещение, а затем и вторичные торги корпоративными облигациями ведущих российских компаний – «Газпрома», «Лукойла», «Тюменской нефтяной компании», РАО «ЕЭС России», АЛРОСА, которые стали новым и привлекательным для инвестора инструментом на фондовом рынке России. В 1999 году в секции фондового рынка было размещено корпоративных облигаций на общую сумму 11,0 млрд. рублей по номиналу. В результате биржа стала первой и фактически единственной в России торговой площадкой, где был организован рынок корпоративных облигаций.
Быстрому восстановлению биржевого рынка способствовало и то, что после победы на проведенном Европейским Союзом (ЕС) тендере ММВБ стала основным партнером ТАСИС в организованном для России проекте «Консультационные услуги по инвестициям на рынке капиталов» (INVAS). Проект, реализуемый в 1998-2000 годах при участии Венской биржи и инвестиционно-консалтинговой компании Raiffeisen Investment AG, направлен на развитие инфраструктуры российского фондового рынка в соответствии с мировыми стандартами. В рамках этой программы был подписан меморандум между S.W.I.F.T. , ММВБ, НДЦ, Расчётной палатой ММВБ и ТАСИС о внедрении международных стандартов финансовых коммуникаций на фондовом рынке РФ.